1957年9月，韩先楚正式担任福州军区司令员，并且同时肩负起了军区党委第一书记的重任。这一年，他刚刚从南京军事学院毕业，回到军区。这一年，福州军区刚刚成立，1956年7月1日，南京军区将福建和江西两个省的军区划出，组建了新的福州军区。军区的首任司令员兼政治委员是叶飞。这个军区负责福建和江西的军事事务，并且直接隶属于国防部，紧挨着台海前线。

为了应对不断频繁的蛙人渗透，叶飞想到了老首长粟裕。粟裕自1958年调任国防部副部长后，心中一直未忘国防建设。叶飞将他请到福州，一开始粟裕并不想多言，但韩先楚直截了当地说：大家都是军人，只要能为国家好，不用那么多弯弯绕。听了这话，粟裕放开了口，提出了一个非常实用的战略——诱敌深入，关门打狗。他的意思是，既然防不住、追不上，那就不要处处防守，干脆留几个口子，诱使敌人上岸，然后一举包围，断绝敌人退路。这一战略与主席提出的北顶南放的策略不谋而合，都是通过诱敌深入，待敌人上钩后再进行围剿。 韩先楚采纳了粟裕的建议，迅速调整了战术布局。他决定在海防线上适当留出几个口子，让敌人自愿上岸，待敌人落入陷阱后，再由陆军围堵，海军则专门打击敌人的运输船只。韩先楚还组建了一支灵活的小型快反部队，专门应对敌人的突袭。新的战术开始显现效果，从1962年到1973年，福州军区在韩先楚的指挥下，共歼灭了90余次小股敌军武装和特务，累计击毙1000余人。 到了1965年，蒋介石终于意识到这种蛙人战术带来的效益越来越少，无法再继续进行下去。随着海防形势逐渐好转，韩先楚也带领福州军区走出了被动局面，转向了主动布局。经过16年的奋斗，1973年韩先楚被调任兰州军区司令员，成为福州军区干得最久的司令员。这个长达十六年的历程，不仅改变了福州军区的海防策略，也为整个东南沿海的安全带来了根本性的转变。